Если вы хотите изменить логотип, просто используйте «Управление медиафайлами» для загрузки файла logo.png в корневое пространство имён или wiki, и тогда он будет использоваться автоматически. Туда же вы можете загрузить favicon.ico. Если у вас закрытая вики, рекомендуется указать права на «чтение» в списках контроля доступа для пространства имён wiki (или корневое), иначе логотип не будет показываться незалогинившимся пользователям.